Kurumumuz Ana Hizmet Binasında;

• İnsan Kaynakları ve Destek Hiz.Şube Müdürlüğü
• Bilgi Teknolojileri Şube Müdürlüğü
• Yapı Denetim Şube Müdürlüğü
• Afet Koordinasyon ve İskan Şube Müdürlüğü
• İmar ve Planlama Şube Müdürlüğü
• Kooperatifler Şube Müdürlüğü
• Yerel Yönetimler Şube Müdürlüğü
• Yapı Malzemeleri PGD Şube Müdürlüğü
• Proje Şube Müdürlüğü
• Yapım1 Şube Müdürlüğü
• Yapım2 Şube Müdürlüğü
• Altyapı ve Kentsel Dönüşüm Şube Müdürlüğü 

Kurumumuz Ek Hizmet Binasında ise;

• Çevre İzinleri Şube Müdürlüğü
• Tabiat Varlıklarını Koruma  Şube Müdürlüğü 1
• Tabiat Varlıklarını Koruma  Şube Müdürlüğü 2
• Çed Hizmetleri Şube Müdürlüğü
• Çevre Yönetimi ve Denetim Şube Müdürlüğü
• Kayyımlık Bürosu Başkanlığı
• Tespit ve Ecrimisil Şube Müdürlüğü
• Milli Emlak Dairesi Başkanlığı
• Bayraklı Emlak Müdürlüğü
• Konak Emlak Müdürlüğü
• Karşıyaka Emlak Müdürlüğü
• Balçova Emlak Müdürlüğü
• Bornova Emlak Müdürlüğü
• Taşınmaz Geliştirme ve İmar Takip Emlak Müdürlüğü görev yapmaktadır.

Ayrıca İl Müdürlüğümüz;

Foça Çevre Şube Müdürlüğü, Urla Çevre Şube Müdürlüğü, Çeşme Milli Emlak Müdürlüğü, Karaburun Milli Emlak Müdürlüğü ve Ödemiş, Beydağ, Bergama, Tire, Kiraz, Kınık, Dikili Milli Emlak Şeflikleriyle çalışmalarını yürütmektedir.